今天这篇我们来学习和了解“如何利用Python数据可视化画火山图，代码是什么”，下文的讲解详细，步骤过程清晰，对大家进一步学习和理解“如何利用Python数据可视化画火山图，代码是什么”有一定的帮助。有这方面学习需要的朋友就继续往下看吧！

导入模块

import numpy as np
import pandas as pd

1.读取测试数据

data=pd.read_csv(r'E:\ZYH\R.project\rna-seq\lianxi1\exon_level\df.csv')

2.查看数据

data.head()

3.筛选差异基因

# 3.尝试写循环筛选上下调基因分类赋值给 "up" 和 "down" 和 "nosig" 加入pvalue条件
###loc函数：通过行索引 "Index" 中的具体值来取行数据（如取"Index"为"A"的行）
data.loc[(data.log2FoldChange>1)&(data.padj<0.05),'type']='up'
data.loc[(data.log2FoldChange<-1)&(data.padj<0.05),'type']='down'
data.loc[(abs(data.log2FoldChange)<=1)|(data.padj>=0.05),'type']='nosig'

4.查看数据,发现多了type这一列

data.head()

5.统计个数

data.type.value_counts()
up      123
down    103
Name: type, dtype: int64

6.绘火山图

import seaborn as sns
import math
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib as mpl
%matplotlib inline
# 对padj取个-log10对数
data['-logpadj']=-data.padj.apply(math.log10)
# 查看
data[['log2FoldChange','padj','type','-logpadj']].head()

# 先设置一下自己的颜色
colors = ["#01c5c4","#ff414d", "#686d76"]
sns.set_palette(sns.color_palette(colors))
# 绘图
ax=sns.scatterplot(x='log2FoldChange', y='-logpadj',data=data,
                hue='type',#颜色映射
                edgecolor = None,#点边界颜色
                s=8,#点大小
                )
# 标签
ax.set_title("vocalno")
ax.set_xlabel("log2FC")
ax.set_ylabel("-log10(padj)")
#移动图例位置
ax.legend(loc='center right', bbox_to_anchor=(0.95,0.76), ncol=1)

7.保存图片

fig = ax.get_figure()
fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

关于“如何利用Python数据可视化画火山图，代码是什么”就介绍到这了，如果大家觉得不错可以参考了解看看，如果想要了解更多，欢迎关注群英网络，小编每天都会为大家更新不同的知识。

免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：mmqy2019@163.com进行举报，并提供相关证据，查实之后，将立刻删除涉嫌侵权内容。

猜你喜欢

• 用Python怎样实现爬取门户网站，代码是什么

  短期目前旨在爬取所有新闻门户网站的新闻，每个门户网站爬虫开箱即用，并自动保存到同目录下的 csv/excel 文件中，禁止将所得数据商用。

• 在Python中vars函数怎么理解，语法和用法是怎样

  vars()函数以字典形式返回参数中每个成员的当前值；如果vars函数没有带参数，那么它会返回包含当前局部命名空间中所有成员的当前值的一个字典；简单的说就是对象转化为dict（字典）对象。

• matplotlib中创建图表的代码是什么

  一、安装此处以Ubuntu12.04为例：$sudoapt-getinstallipythonpython-matplotlibpython-numpy二、简单实例>>>importmatplotlib.pyplotasplt>>>>>>plt.figure(1)

• Python int函数作用是什么，怎样使用呢？

  这篇文章主要介绍了Python中的int函数使用方式，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。如有错误或未考虑完全的地方，望不吝赐教

• Python虚拟环境如何创建设置，操作是什么

  这篇文章主要为大家介绍了python 虚拟环境，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们可以参考一下，希望能够给你带来帮助<BR>